Αρμοδιότητες του Τμήματος Αλιείας είναι η συγκέντρωση και τήρηση στοιχείων, μελέτη των αλιευτικών θεμάτων και εισήγηση για λήψη μέτρων προστασίας και ανάπτυξης της αλιείας, η παρακολούθηση της ρύπανσης και μόλυνσης του υδάτινου περιβάλλοντος και η εισήγηση λήψης μέτρων για την προστασία του υδρόβιου πλούτου, η παρακολούθηση της ποιότητας νερού και σάρκας οστράκων με περιοδικές δειγματοληψίες για έλεγχο της καταλληλότητας αυτών για ασφαλή κατανάλωση, κ.α.